まず肌の色について。The Sims Wiki（英語）の 遺伝のページ によると、次のようになります。
遺伝子と発現する肌の色の関係
肌の色の遺伝子も、子供は両親から１つずつの遺伝子を受け継ぎます。
ただし、発現の仕方は髪や目の色とは異なります。
デフォルトの肌は色の薄いものから濃いものへ順に S1、S2、S3、S4 と名前が付いていますが、たとえば S1 と S3 の遺伝子を持つシムは、S1、S2、S3 の３通りの肌の色を現す可能性があります。
ここのところあまり詳しく書かれていないんですが、つまりこの時、このシムの見た目の肌の色が S2 であったとしても S2 の遺伝子は持っておらず、子供に S2 の遺伝子が伝わることはないことになります。たとえばこの S1/S3 シムから子供に S1 遺伝子だけが伝わり、相手もたまたま S1/S3 遺伝子を持つ見た目 S2 のシムだったとして、相手からも S1 遺伝子だけが子供に伝わると、その子は S1/S1 遺伝子を持つことになって外見の可能性も S1 のみになり、両親のどちらにも似ていないことになるかと思います。
こうなると実際にどういう遺伝子を持っているのかを本人の見た目や子供から推測するのはかなり難しいと言えるでしょう。外見が最も薄い肌（S1）や最も濃い肌（S4）の場合は必ずその遺伝子を持っていると言えると思いますが。
エイリアンの肌
上記ページによると人間の肌はすべて劣性で、エイリアンの肌は常に優性です。
エイリアンの肌色を A とすると、おそらく人間をさらって子供を産ませるエイリアンの肌色の遺伝子は AA と考えられます。人間の方を仮に S1/S4 とすると、生まれてくる子供の遺伝子は A/S1 または A/S4 となり、どちらにしても表に現れるのはエイリアンの肌です。
エイリアンの肌色の遺伝子を持っていれば必ず発現するはずなので、エイリアンの子供が普通の人間との間に子供を作り、その子が普通の肌色だったらもうエイリアンの肌色の遺伝子は持っていません。たとえばエイリアンの子供である A/S1 のシムが S2/S4 みたいな普通肌の普通のシムと結婚するなどして子供を作ると、子供の遺伝子の可能性は A/S2、A/S4、S1/S2、S1/S4 の４通りになります。前半の２通りは必ずエイリアンの肌になります。後半の２通りは普通肌になり、エイリアンの遺伝子はありません。
つまり、先祖にエイリアンがいるとしても、いったん普通肌になってしまった子孫からそれ以降エイリアン肌の子供が生まれることはありません。たぶん。
カスタム肌の遺伝
遺伝設定のされていないカスタム肌は 0 に割り当てられるようです。また、カスタム肌をダウンロードフォルダから削除してしまった場合、以前それを使っていたシムの肌はデフォルトの S2 に置き換えられるそうです。
この 0 の意味は、Genensims さんの 肌の遺伝に関するページ を見ればわかります。
デフォルトの肌の色には実際には、S1 に 0.10、S2 に 0.30、S3 に 0.60、S4 に 0.90 という数字が割り振られています。
たとえば S1/S2 の遺伝子を持つということは言い換えれば 0.10/0.30 の遺伝子を持つことになり（というのは私の解釈なんですが）、実際に表に出るのは 0.10 から 0.30 の間（それぞれを含む）の数字を持つ肌の色です。
カスタム肌には 0.01 からおそらく 9.99（上限は未確認らしい）の数字を割り当てることができ、これによって遺伝を設定することができます。１つの数字に複数の肌色を割り当ててもいいそうです。
たとえば 0.15 のカスタム肌色のシムを作り、別の 0.75 のカスタム肌色のシムを作った場合、彼らの子供は 0.15/0.75 の遺伝子を持つことになって（たぶん。作成シムは目や髪の場合と同様に表に出ている色の遺伝子を２つ持つと仮定しています）、0.15 のカスタム、デフォルトの S2、デフォルトの S3、0.75 のカスタムの４種類を発現する可能性があることになります。
あるいは 1.5 のカスタムと 1.7 のカスタムという肌があったとしたら、これらの間にはデフォルト肌がありませんから、子供はこのどちらか（この間にさらに別のカスタムが設定されていればそれも含む）の肌を持つことになります。
ここには 0 に関する説明がありませんが、遺伝設定のされたノーマル肌のページ に書かれています。ここの「0」の欄によると 0 はカスタム肌のための欄で、常に優性となっています。
「常に優性」とは、子孫の末代まで永遠に伝わるという意味ではありません。私の解釈ですが、たぶんエイリアンの肌と同じように働くはずです。
ところで上のノーマル肌のページからはそのままカスタム肌をダウンロードすることができますが、もしも同じ名前の遺伝設定されていない肌を持っている場合は、遺伝設定されている肌かされていない肌のどちらか一方しかダウンロードフォルダに入れてはいけないという注意書きがあるのでご注意ください（GUID が同じだからだとか）。
顔の特徴の遺伝
顔の特徴の遺伝についてはこの記事のトップにあるのと同じページに書かれていますが、あまり詳しい説明がありません。
親の顔の特徴を子供も受け継ぐことがあると書いてあるだけです。ただし、肌の場合のように「間を取る」ことはありません。鼻の大きいシムと鼻の小さいシムの子供が中くらいの大きさの鼻を持つことはなく、鼻は大きいか小さいかどちらかになります。
顔の特徴についても遺伝子が２個１組なのか、優性や劣性があるのかというあたりは全然わかりません。
